Hace un tiempo tenía un problema con compiz. Cuando abría el k3b, openoffice, amarok y algunos otros, los menús no aparecían, bueno, el texto. Lo que hacía era cambiar momentaneamente con fusion-icon el manejador de ventanas por el Metacity y esto me quitaba el problema.
El día de hoy me convenció mi hermana de buscar una solución. Entonces encontré aquí lo que estaba buscando.
Sólo hay que ejecutar en una terminal

gksudo gedit /etc/X11/xorg.conf

y en la sección Device agregar(desactivar) la opción RenderAccel. Una vez hecho esto, guarda los cambios y reinicia el servidor X(cierra tu sesión y vuelve a entrar o más rápido presionando ctrl-alt-backspace)
Por ejemplo, si tu xorg.conf contiene

Section “Device”
    Identifier    “Configured Video Device”
    Driver    “nvidia”
    Option    “NoLogo”    “True”
EndSection

cambialo por

Section “Device”
    Identifier    “Configured Video Device”
    Driver    “nvidia”
    Option    “NoLogo”    “True”
    Option    “RenderAccel”    “0″
EndSection

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